操作系统不同。

　　windows虚拟主机是由windows系统服务器开设的主机，其中windowserver系统环境多为win2008和win2012，少数主机可能还有win2003。windowserver2016尚未普及。

　　Linux虚拟主机是由Linux系统构建成，其中Linux系统有很多种，主流有Centos、Ubuntu、Debian、Redhat四种。

　　最大的区别是系统不同，虚拟主机也不同。

　　linux服务器，运行的web组件是Apache+mysql，主要支持PHP和MYSQL，部分linux可以支持JSP。

　　Windows服务器，运行的web组件是IIS，数据库主要是SQLserver，IIS版本从6-8不等。主要支持asp、http://asp、Net、PHP等。，所以windows的主机也叫全能主机。