‌要确保自适应网站模板自定义后的兼容性，关键在于遵循响应式设计原则、进行多设备测试，并适当设置浏览器的兼容模式‌。

首先，‌选择并设计一个良好的响应式网站模板是基础‌。这样的模板能够自适应不同屏幕尺寸和分辨率，确保网站在手机、平板电脑和桌面电脑上都能正确显示‌。在自定义过程中，应尽量避免破坏模板的响应式布局，如使用百分比宽度、媒体查询和弹性盒子布局等技术来实现自适应布局‌。

其次，‌进行多设备测试是确保兼容性的重要步骤‌。使用不同品牌和型号的设备进行测试，可以确保网站在不同设备上的显示效果和交互性能都符合预期‌。这包括测试不同操作系统和浏览器上的显示效果，以及在不同网络连接速度下的加载时间‌。

最后，‌适当设置浏览器的兼容模式也是提升兼容性的有效手段‌。虽然现代浏览器大多支持响应式设计，但在某些特定情况下，如访问老旧网站或应用程序时，可能仍然需要启用兼容模式。对于谷歌浏览器、火狐浏览器等现代浏览器，可以通过安装相应的扩展程序或调整浏览器设置来实现兼容模式‌。例如，在谷歌浏览器中，可以安装“IE Tab Multi”等扩展程序来模拟IE浏览器的行为；在火狐浏览器中，则可以通过设置菜单启用兼容模式‌。

综上所述，通过选择良好的响应式模板、进行多设备测试以及适当设置浏览器兼容模式，可以确保自适应网站模板自定义后的兼容性。